魚粉的生產工藝主要有蒸干和脫脂二種，蒸干魚粉的生產工藝：魚粉原料——→蒸干機加熱蒸干—→成品（蒸干魚粉）；脫脂魚粉的生產工藝：魚粉原料——→蒸煮——→壓榨（脫脂、脫去部分可溶性物質）——→干燥——→脫脂魚粉。

目前，魚粉生產中主要存在以下問題：

一是原料問題。剛捕撈的不能食用的小雜魚原料由于受貯存條件限制，往往不能馬上加工成魚粉，通常采用在小雜魚中加鹽的方法以延長保存期，這類原料生產的魚粉新鮮度達不到要求，且鹽分含量要超標；

二是加工工藝問題。如蒸干魚粉含脂肪量過高，一般在10%以上，容易氧化，產品不易較長時間保存，既影響產品質量，且在夏季高溫季節甚至會在運輸途中自燃；

三是蒸干加溫過度，致使部分魚粉蛋白質變性；

四是摻雜使假問題，也是目前影響魚粉質量的問題。少數不法分子在魚粉加工過程中或在魚粉成品中摻入非魚粉類物質，通常有高蛋白的血粉、水解羽毛粉、皮革蛋白粉、肉骨粉、餅粕類等蛋白飼料以及米糠、麩、花生殼等農副產品，有的甚至摻非蛋白氮的脲醛聚合物、尿素等物質。

目前產品質量監督檢驗部門對付摻假的辦法主要是用顯微鏡檢查來鑒別，更先進的是用PCR擴增儀檢測原料的結構。