全脂魚粉加工生產流程是：魚原料經過蒸煮蒸干機蒸煮后魚原料和水一起直接進入烘干機進行烘干，不經過壓榨水分及蒸煮蒸干后的魚直接進入烘干機。由于半脫脂魚粉與全脂魚粉對原料魚材料的新鮮度要求不高，魚的含油量會很少，脂肪含量相對脫脂魚粉偏高，生產出來的魚粉形狀很細，蛋白含量在56%-63%之間，VBN一般在220-510之間，酸價相對偏高，胃蛋白酶消化率在80~90之間，鹽分含量也相對較高，在氣味上與脫脂魚粉差異很大，因此品質相對半脫脂魚粉更差。
全脂魚粉生產流程是魚經過蒸煮蒸干機熟化后魚肉和水一起直接進入烘干機烘干。由于半脫脂魚粉與全脂魚粉對魚的新鮮度要求不高， 因為魚含油量很少，生產全脂魚粉的脂肪和脫脂魚粉的脂肪差不多少，出粉率高，利潤率大，所以很多魚粉廠商都以生產全脂為主。
半脫脂魚粉的工藝與脫脂魚粉的生產工藝流程基本步驟大致相同，都是經過蒸煮——壓榨——油水分離——干燥——二次干燥等，不同的是半脫脂魚粉在油水分離后，將分離出來的水（其中水中包含鹽分、雜質、脂肪及微小的魚粉顆粒）回噴到一次干燥罐內，與半成品的半脫脂魚粉混合一塊兒烘焙，增加了魚粉的利用率，減少了因魚種偏小及加工不夠細致導致的魚肉原料的流失。
半脫脂魚粉顏色因烘焙燒烤時間的延續，回噴程序比不過回噴程序多帶有局部壓榨后的魚及養分，所以造成VBN（普通150-250之間）、組氨酸價偏高及魚粉略帶有紅褐色，性狀顆粒微小，蛋白含量普通在60%-66%之間，酸價含量相對脫脂魚粉偏高，鹽分在4.5-5.5%之間。半脫脂魚粉和脫脂魚粉的氣味有很大差別，對比明顯有酸敗的氣味。半脫脂魚粉的成本比脫脂魚粉的少很多。
脫脂魚粉加工生產工藝采用蒸煮——壓榨脫水——脫油脂——烘干——粉碎——包裝，這樣的加工工藝，將新鮮小魚或冰凍魚進行加工生產，粗蛋白含量在60％以上，粗脂肪含量在10％左右。 經過這樣脫脂魚粉加工生產以后，常溫下保質期可達一年或以上，動物家禽吸收率高達85%以上，比簡單進行曬干粉碎的魚粉高50%之多，并且經過高溫蒸煮后，殺死了有害的各種病菌，保證家禽食用后減少患呼吸道疾病和消化道疾病的幾率。
1.營養效能高。脫脂魚粉中不含纖維素等一些家禽難消化的物質, 粗脂肪含量較高，所以脫脂魚粉的有效能值高，生產中以脫脂魚粉為原料很容易搭配調成高能量的家禽飼料。　
2.富含維生素。脫脂魚粉富含B族維生素，特別是維生素B含量高，還含有維生素A、D和維生素E等脂溶性維生素，但在加工環境和儲藏條件不佳時，很容易遭到破壞。
3.粗蛋白質含量高。脫脂魚粉的主要營養特點是粗蛋白質含量高，一般脫脂魚粉的粗蛋白質含量高達60%以上。在所有的蛋白質補飼料中，其粗蛋白質的營養價值最高。進口魚粉普遍蛋白質含量在60%～72%，國產魚粉對比偏低，一般蛋白質含量為45%～60%，富含各種必需氨基酸，所含氨基酸種類多、而且齊全，特別是所含氨基酸與豬、雞等家禽動物體內組織氨基酸組成基本一致。所以脫脂魚粉蛋白質品質好，含量高，用做飼料價值非常高。