魚粉的特點是零碎、有氣味和具有吸潮性，并含有較高的水分及不飽和脂肪酸，因而不易久存。由于魚粉中含有較高的脂肪，而魚粉的脂肪中含有較多的不飽和脂肪酸，其中的碳碳雙鍵易于吸氧使魚粉進行緩慢氧化，甚至會引起自燃。因此魚粉中的水分含量很重要，如果水分低于6%，就沒有足夠的濕度進行保護，會促使油分的揮發，從而增加過氧化值;如果水分超過12%，那么細菌與蟲害活動以及氧化反應加速，從而產生熱量與可燃性磷化氫(PH3)氣體，如果熱量和PH3蓄積到一定程度且魚粉與空氣接觸時，就會自燃，因此魚粉的安全水分因保持在7%-10%之間(南方氣候由于濕度大，上限應該在9%左右)。
(1)高溫對魚粉的影響
　　在濕法加工中，魚粉的高溫環節有蒸煮、壓榨、干燥和粉碎等工藝流程。 在此四個環節中，蒸煮、壓榨和干燥都是高溫型作業流程，其中，蒸煮與壓榨都與高溫型物料接觸。物料中的不飽和脂肪酸非常容易氧化;壓榨除了自身物料是高溫外，還因為擠壓摩擦而產熱。粉碎環節雖然物料已經冷卻，但由于物料在粉碎機內的篩片和篩網之間高速回旋撞擊，也有摩擦產熱。采取的措施：如在蒸煮和干燥環節加入一定比例的雙氧水以防先期氧化，同時，在魚粉冷卻后河粉碎前加入固體粉末抗氧化劑。抗氧化劑能防止過氧化基的形成，切斷氧化反應鏈，并取得了一定的效果。

(2)魚粉倉儲及管理

　　①儲存倉庫要求：必須清潔、干燥、陰涼通風、易散熱等，同時能防止日曬、防雨淋、防吸潮、防蟲害等。

　　②倉儲應備工具：測溫器材、干濕溫度計、墊板、防水防潮塑料布或苫布、抽樣釬、 抽樣盤等。
　　③魚粉的倉儲管理

　　a.魚粉的入庫堆碼：ⅰ.魚粉入庫前，應對整個倉庫進行消毒，包括地面、墻壁及其它死角等地方。ⅱ.入庫堆放時，魚粉在庫房里靠墻的一側，應離開干墻壁20cm(庫房墻壁的厚薄應視當地的氣候情況和庫房地面的吸潮程度而定)。 ⅲ.地面應有墊板與地面隔開(有條件的必須鋪上防水防潮塑料膠布或苫布)。 ⅳ.垛位不宜過大或過高，一般以0-60t為宜，高度不宜超過15個魚粉包裝物高。ⅴ.垛位與垛位之間應有適當的距離。要考慮在垛位與垛位之間是否需要車輛的進出。如果不需要，其間距至少不低于1m以方便人員巡視和抽樣檢查。
　　 b.魚粉入庫后的“身份證”的內容 每一個魚粉垛位都必須有其自己的“身份證”—-標牌，標牌應該涵蓋以下內容：ⅰ.貨物來源;ⅱ.入庫日期;ⅲ.件數;ⅳ.規格;ⅴ.噸位;ⅵ.貨物去向;ⅶ.去向日期;ⅷ.去向噸位;ⅸ.備注等

　　c.魚粉倉庫的日常管理 保管員每天必須要定時定點巡查庫房，做好“兩看、四檢、一通風”。兩看：一看測溫儀的溫度數;二看干溫度計的度數; 四檢：一檢庫房是否漏雨;二檢魚粉是否有蟲鼠現象;三檢魚粉是否有變質現象;四 檢魚粉垛標牌中與實物是否有不符合現象。 一通風：指經常給庫房通風，以散發魚粉垛位產生的熱量及其相關氣體。 要保證庫房內的魚粉不受潮、不霉變、不氧化乃至自燃、不受蟲、鼠害及有害物質的污染等。

　　(3)魚粉的運輸
　　①運輸工具的要求：包裝物應采用符合相關衛生指標的防潮紙袋或塑料編織袋或麻袋 包裝，內標塑料薄膜袋，包裝封口牢固，并保證無魚粉漏出。 a.保證運輸工具潔凈，防止受農藥、化學藥品、煤炭、油類、石灰等有毒物質的污染。b.運輸工具必須得防日曬、防雨淋、防吸潮，對于發放火車皮的魚粉，魚粉與車皮的 墻壁之間必須有防水物隔開，以防吸潮;汽車工具必須得有苫布等防水、防曬物
　　②在裝卸過程中的要求：a.應輕裝輕卸，禁用手鉤; b.若是托盤堆碼的魚粉，工人必須用兩手抱起魚粉包兩端，且輕拿輕放，以防止魚粉袋皮被托盤上露出的釘子刮破; c.根據車型(汽車、火車皮、集裝箱)的長寬高進行合理的堆碼布局。